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在战乱的一段时间过后，宇智波一族生活在了木叶村。但由于他们的成员并不允许干涉国家大事，也很少与外界交流，就慢慢被人们所淡化和遗忘。但是有人想要恢复家族的名声和地位，有了叛变的企图。其中就以鼬的父母为首。但当时鼬已经成为木叶的暗部成员之一，同时也了解到了家族人计划发动战争的事情，木叶高层要求他不惜一切代价去阻止这场叛乱。鼬无法拒绝这个要求，因为他不想让更多人受到战争的伤害。因为他要执行的任务是杀掉和自己生活了十多年的同族人，还有自己深爱的亲人，甚至有自己挚爱的弟弟佐助。
于是鼬伙同其他暗部，在一夜之间将全村人杀死，惟独留下了他挚爱的弟弟，并故意让弟弟看见族人和父母倒在血泊中，但又因无法向年幼的佐助说明实情，就故意骗他说是自己为了测量容器杀死族人，他想让佐助仇恨自己，报着杀死自己的决心，在今后的残酷的战争中生存下来，而鼬自己却愿意背负一切恶名，成为木叶的叛逃忍者。
