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一些基因文库在包含的基因数量、构建方法和基因结构的完整性方面不同于基因组文库。有些基因文库含有大量基因，缺乏非编码区和编码区的内含子。
对于真核生物，cDNA文库中获得的基因缺少内含子和非编码区。CDNA通过DNA转录成RNA，然后反转录而丢失。在转录过程中，原始DNA的内含子和非编码区会被切掉，只留下原始DNA编码区外显子对应的RNA片段。如果逆转录停止，丢失的cDNA将与原来的DNA不同。因此，仅提供cDNA文库用于基因组测序是不够的。
真核基因是通过过程分解单独获得的，而原核基因可以通过过程限制性内切酶直接从DNA上切下。因为原核生物的基因是连续和不连续的，直接切割会丢失目的基因。然而，真核细胞的基因是连续和不连续的，并含有秘密内含子。
(cDNA文库)从生物体的基因组转录的所有mRNA的cDNA片段被分离并用克隆载体重组，并储存在一些受体细菌中。如果通过分子杂交或抗体筛选出目的基因，可用噬菌体载体构建cDNA文库。
噬菌体载体-λZap cDNA载体？λZapcDNA载体通常在拉出点上游有一个强启动子，最初启动目的基因的表达。这和原始基因有关。
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